北京药学会成立于1947年，前身为中国药学会北京分会，由北京地区药学科技工作者自愿联合发起成立。1988年正式更名为北京药学会，是经北京市民政局核准、以北京市科学技术协会为业务主管单位的学术性、公益性、非营利性的法人社会团体，中国社会组织“5A”级学会。
历届理事会选举产生的理事长依次为：薛愚、王序、孟目的、胡振凯、张其楷、李舜年、佘静、史炳忠、冯国安、贺旋、梁洪。
北京药学会设立8个工作委员会、19个专业委员会、专职秘书处，在开展国内外学术交流、业务培训和继续教育、举荐人才、科学普及、编辑出版、科技咨询服务、医药成果鉴评和成果转让项目以及配合卫生行政部门做好参谋和助手等方面做了大量的工作。
学会坚持以会员为中心，最广泛的吸引和团结广大药学科技工作者，营造良好科学文化氛围，反映会员意见建议，维护会员合法权益，发挥桥梁和纽带作用，推动首都药学事业发展，助力京津冀协同发展。不断尝试创新办会模式，整合资源和完善组织建设，全面打造学术型社团。
