北京大学药学院的前身是北京大学中药研究所，始建于1941年。在此基础上，1943年建立北京大学医学院药学系;1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系;1985年随学校更名为北京医科大学药学院;2000年4月更名为北京大学药学院。曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学(医药)、药理学等专业，现设药学专业(六年制本硕连读)。药学专业于2007、2008年被批准为国家级、北京市级高等学校特色专业建设点，于2008年被批准为“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”(简称理科基地)药学专业点。北京大学药学院是一个以培养研究型人才为目标的药学院。
药学院由六系(化学生物学系，药物化学系，天然药物学系，药剂学系，分子与细胞药理学系，药事管理与临床药学系)、一室(天然药物及仿生药物国家重点实验室)、一所(应用药物研究所)、一中心(药学实验教学中心)组成。下设四个委员会：教学委员会、学术委员会、药物研究与开发委员会、对外合作交流委员会。现有三个国家重点学科即药物化学、生药学及药理学科，药学学科于2007年被认定为国家一级重点学科，在教育部2012年学科评估中排名全国第一，于2017年入选教育部双一流建设学科，2017年QS全球药学学科排名第24位。
学院近年来获国家级教学成果二等奖1项、北京市教学成果一等奖2项、北京市教学成果二等奖2项;获国家自然科学二等奖3项，国家科技进步二等奖2项，省部级一等奖8项、二等奖26项、三等奖12项，其他奖20余项;近五年发表论文1824篇(其中被SCI收录的1248篇)。
